Депресия: rTMS е одобрен от FDA за лечение на големи депресии, при които другите терапии са неефективни. Високочестотният rTMS често се използва за повишаване на активността в области, свързани с регулирането на настроението.  Невропатна Болка: Използва се за облекчаване на хронични болки, особено невропатни болки, чрез модулиране на мозъчни региони, отговарящи за обработката на болката. rTMS се търси като потенциално лечение за резултати като лечение на спастичност, тинитус/шум в ушите/, обсесивно-компулсивно разстройство (ОКР), посттравматичен стрес (ПТСС), аутизъм. Лечението с rTMS включва множество сесии през няколко седмици. Точният протокол варира в зависимост от резултатите, които се лекуват. Възможни Странични Ефекти: Въпреки това, че всеки се смята за безопасен, rTMS може да има странични ефекти, включително дискомфорт или болка на скалпа в областта на стимулацията, главоболие и рядко припадък, ако протоколът не се спазва правилно. Тези странични ефекти са леки и временни. Ефективността на rTMS може да варира от човек на човек. Съветът това се използва често се индивидуализира, като се избират параметрите на стимулацията и целите се насочват към конкретните нужди и реакции на пациента.